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  1. 0 資料タイプ別
  2. 03 紀要論文
  1. 250 大学院医歯学総合研究科(医)
  2. 20 紀要
  3. 02 新潟医学会雑誌
  4. 第130巻第10号

ホルマリン固定後パラフィン包埋肺腺癌検体からのDNA抽出濃度について:次世代シーケンサーによる網羅的遺伝子解析のために

http://hdl.handle.net/10191/47258
http://hdl.handle.net/10191/47258
637a763e-66c5-4f43-93ab-f25145a1510d
名前 / ファイル ライセンス アクション
130(10)_601-611.pdf 130(10)_601-611.pdf (1.3 MB)
Item type 紀要論文 / Departmental Bulletin Paper(1)
公開日 2017-04-06
タイトル
タイトル ホルマリン固定後パラフィン包埋肺腺癌検体からのDNA抽出濃度について:次世代シーケンサーによる網羅的遺伝子解析のために
タイトル
言語 en
タイトル ホルマリン固定後パラフィン包埋肺腺癌検体からのDNA抽出濃度について:次世代シーケンサーによる網羅的遺伝子解析のために
言語
言語 jpn
キーワード
主題Scheme Other
主題 次世代シーケンサー
キーワード
主題Scheme Other
主題 肺癌
キーワード
主題Scheme Other
主題 ホルマリン固定パラフィン包埋検体
キーワード
主題Scheme Other
主題 DNA抽出
キーワード
主題Scheme Other
主題 DNA濃度
キーワード
主題Scheme Other
主題 最低必要全細胞面積
資源タイプ
資源 http://purl.org/coar/resource_type/c_6501
タイプ departmental bulletin paper
その他のタイトル
その他のタイトル Association between Histopathological Findings and Concentration of Extracted DNA from Formalin-fixed Paraffin-embedded Samples of Lang Adenocarcinoma : comprehensive analysis of genome alterations using next- generations sequencer
著者 佐藤, 征二郎

× 佐藤, 征二郎

WEKO 58774

佐藤, 征二郎

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市川, 寛

× 市川, 寛

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島田, 能史

× 島田, 能史

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島田, 能史

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永橋, 昌幸

× 永橋, 昌幸

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永橋, 昌幸

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若井, 俊文

× 若井, 俊文

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土田, 正則

× 土田, 正則

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土田, 正則

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井筒, 浩

× 井筒, 浩

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井筒, 浩

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兒玉, 啓輔

× 兒玉, 啓輔

WEKO 58781

兒玉, 啓輔

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中田, 光隆

× 中田, 光隆

WEKO 58782

中田, 光隆

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著者別名
識別子 58783
識別子Scheme WEKO
姓名 Sato, Seijiro
著者別名
識別子 58784
識別子Scheme WEKO
姓名 Ichikawa, Hiroshi
著者別名
識別子 58785
識別子Scheme WEKO
姓名 Shimada, Yoshifumi
著者別名
識別子 58786
識別子Scheme WEKO
姓名 Nagahashi, Masayuki
著者別名
識別子 58787
識別子Scheme WEKO
姓名 Wakai, Toshifumi
著者別名
識別子 58788
識別子Scheme WEKO
姓名 Tsuchida, Masanori
著者別名
識別子 58789
識別子Scheme WEKO
姓名 Izutsu, Hiroshi
著者別名
識別子 58790
識別子Scheme WEKO
姓名 Kodama, Keisuke
著者別名
識別子 58791
識別子Scheme WEKO
姓名 Nakada, Mitsutaka
抄録
内容記述タイプ Abstract
内容記述 【緒言】近年,次世代シーケンス技術の開発が進み、高速シーケンサーを用いて, 微量DNAから短時間で多検体のシーケンスが可能となり,がんゲノムの網羅的解析から,がん個別化医療のバイオマーカーとして,ドライバー遺伝子変異の探索が盛んに行われるようになった.次世代シーケンサーを用いて多数の遺伝子異常を同時に検査するクリニカルシーケンスが期待されてきているが,その際に問題となるのは臨床検体の取り扱いである.従って, 本研究の目的は,次世代シーケンサーを用いた網羅的遺伝子解析を想定した際の, 肺腺癌組織より抽出したDNA量や質を組織亜型,分化度の違いから検討し、また、実際に必要とされる臨床検体(FFPEスラ\nイド)量を考察することとした.【方法】肺癌手術を施行され,凍結切片を有する肺腺癌68症例のホルマリン固定後パラフィン包哩(FFPE)検体をHE染色にて評価し,腫瘍胞巣に含まれる全細胞含有面積に占めるがん細胞含有率20%以上の63例を解析対象とした. 組織亜型の内訳は,置換性増殖優位型腺癌\n(lepidic)が5例,乳頭状増殖優位型腺癌(papillary)が44例,腺房状増殖優位型肺癌(acinar)が5例,充実性増殖優位型腺癌(solid)が2例,粘液腺癌(mucinous)が7例であった.各FFPEブロックから連続切片20μm, 2枚よりDNAを抽出した.単位面積当たりのDNA抽出濃度や断片化(Q-ratio : [129bp]/[41bp])について組織亜型間で比較し,また,解析に必要とされる臨床検体量 (腫瘍面積)を考察した.【結果】単位面積当たりのDNA抽出濃度は中央値4.20ng/μL(範囲:0.32ng/μL/mm^2 - 19.25ng/μL/mm^2)であった.Q-ratioについては中央値1.03 (範囲 : 0.79-1.57) とすべて基準値以上であった.組織亜型間においては抽出されたDNAの単位面積当たりの濃度では置換性増殖優位型腺癌は粘液腺癌と比較し, 単位面積当たりのDNA抽出濃度が有意に多かった(p=0.046).粘液非産生型腺癌は有意に粘液産生型腺癌より単位面積当たりのDNA抽出量は多かった(p<0.01).また,分化度間の単位面積当たりのDNA抽出量では中・低分化腺癌は有意に高分化腺癌より単位面積当たりのDNA抽出量は多かった(p=0.012).腫瘍面積とDNA抽出量につきPearsonの相関係散を算出すると, r=0.486, p<0.01と有意に正の相関を認めた.必要最低腫瘍面積の算出では30mm^2当たりのDNA抽出量は、平均29.0±23.4\nngl/μL(範囲 : 3.86ng/μL-116.5ng/μL)であり,全症例において基準となる3.75ng/μLをクリアーした.【結語】肺腺癌では,粘液産生の有無,分化度がDNA抽出量に影響を与えることが分かった.腫瘍胞巣面積,瘢痕巣の割合から全細胞面積を算出しそこに含まれるがん細胞含有率(>20%)を確認し,必要最低全細胞面積をクリアー出来る切片枚数を確保することが肝要であると思われる.
書誌情報 新潟医学会雑誌
en : 新潟医学会雑誌

巻 130, 号 10, p. 601-611, 発行日 2016-10
出版者
出版者 新潟医学会
ISSN
収録物識別子タイプ ISSN
収録物識別子 00290440
書誌レコードID
収録物識別子タイプ NCID
収録物識別子 AN00182415
著者版フラグ
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Ver.1 2021-03-01 18:45:07.720876
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