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  1. 0 資料タイプ別
  2. 02 学位論文
  1. 250 大学院医歯学総合研究科(医)
  2. 60 博士学位論文
  3. 10 博士学位論文

プロテオーム解析におけるフケ混入データの自動抽出・除去プログラムの開発

http://hdl.handle.net/10191/32267
http://hdl.handle.net/10191/32267
d02f9a25-973a-4b04-b0c4-159e91715a6a
名前 / ファイル ライセンス アクション
h26nmk629.pdf 本文 (804.3 kB)
h26nmk629_a.pdf 要旨 (177.6 kB)
Item type 学位論文 / Thesis or Dissertation(1)
公開日 2015-06-03
タイトル
タイトル プロテオーム解析におけるフケ混入データの自動抽出・除去プログラムの開発
タイトル
言語 en
タイトル プロテオーム解析におけるフケ混入データの自動抽出・除去プログラムの開発
言語
言語 jpn
キーワード
主題Scheme Other
主題 プロテオミクス
キーワード
主題Scheme Other
主題 質量分析計(MS)
キーワード
主題Scheme Other
主題 SI_N
キーワード
主題Scheme Other
主題 VBA
キーワード
主題Scheme Other
主題 MASCOT
資源タイプ
資源 http://purl.org/coar/resource_type/c_46ec
タイプ thesis
その他のタイトル
その他のタイトル Development of a program for automatic extracting and subtracting contaminant information from mass spectrometry-identified proteomes
著者 牧口, 智夫

× 牧口, 智夫

WEKO 50481

牧口, 智夫

Search repository
著者別名
識別子 50482
識別子Scheme WEKO
姓名 Makiguchi, Tomoo
抄録
内容記述タイプ Abstract
内容記述 プロテオミクス解析により、タンパク質発現に差異のあるタンパク質が探索され、多くの疾患バイオマーカー候補が見出されている。その中で非標識タンパク質定量解析法は質量分析(MS)装置によるタンパク質同定に使われた未標識(ラベルフリー)のMSスペクトルからペプチドイオンとフラグメントイオンの強度を利用してタンパク質の相対発現レベルをスペクトル指数 (SI_N)として表す方法で、注目されている手法である。質量分析装置の性能向上により検出感度が高まるにつれ、実験者や実験環境から由来するフケの測定サンプル へのコンタミが問題となっている。この問題を解決するため、 Microsoft社のプログラミング言語 VBA :Visual Basic For Applicationを用いExcelアプリケーション機能をカスタマイズすることにより、MSタンパク質検索エンジン(MASCOT)より出力されたタンパク質同定結果から簡便に注目するタンパク質のSI_Nを表示させ、サンプル中にフケ(dandruff, D)による汚染があった場合にフケ由来タンパク質の強度 (SI_<GI>)を減算しフケ混入分を除き、サンプル本来のSI_N値を求めた値SI_N(-D) を表示するプログラムの開発を行った。プログラムの開発にあたっては、Western blottingによりフケに発現しているケラチンの確認を行い、その後、ヒトの腎組織(皮質)由来ペプチドサンプルに予め調整したフケペプチドを5% 、10% 、20% 、30%、50% 、60%、80% 、100%の割合で添加した後に質量分析し、それらのタンパク質同定結果からフケ特異的ケラチン: KRT1 、KRT10 をフケの内部標準物質として、それらのSI_<GI>回帰分析により、 フケの混入率を推測することが可能になった。本研究では、ペプチドサンプルのMASCOT同定結果から調べたいタンパク質の同定情報をスペクトル指数 (SI_N)として表示し、フケによるコンタミが判明した場合、フケ成分のタンパク質分を除去するプログラム、SI_N(-D) を開発した。SI_N(-D) は、フケ混入率が80%までフケ混入がないサンプルのSI_Nと有意差はなかったが、フケ混入率が30 %を超えるとサンプル中の元サンプルタンパク質量が減少することによりそれらのタンパク質自体が同定さないケースも発生したため、データの信頼性は極端に低下したと考えられる。そのため 30 %を超えるコンタミが判明した場合は、そのデータを使用しないことが望ましいと考えられた。
内容記述
内容記述タイプ Other
内容記述 学位の種類: 博士(医学). 報告番号: 甲第3983号. 学位記番号: 新大院博(医)甲第629号. 学位授与年月日: 平成27年3月23日
書誌情報 p. 1-16, 発行日 2015-03-23
出版者
出版者 新潟大学
著者版フラグ
値 ETD
学位名
学位名 博士(医学)
学位授与機関
学位授与機関名 新潟大学
学位授与年月日
学位授与年月日 2015-03-23
学位授与番号
学位授与番号 13101甲第3983号
学位記番号
内容記述タイプ Other
内容記述 新大院博(医)甲第629号
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Ver.1 2021-03-01 08:16:03.534976
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