2024-03-29T05:14:12Z
https://niigata-u.repo.nii.ac.jp/oai
oai:niigata-u.repo.nii.ac.jp:00008815
2022-12-15T03:43:06Z
453:456
471:537:538:918
4 計算プロテオミクス : データベースを利用したタンパク質翻訳後修飾の同定(シンポジウム 「生命システムの理解に向けたバイオインフォーマティクス」, 第694回新潟医学会)
4 計算プロテオミクス : データベースを利用したタンパク質翻訳後修飾の同定(シンポジウム 「生命システムの理解に向けたバイオインフォーマティクス」, 第694回新潟医学会)
Computational Proteomics : Database-run Identification of Post-Translational Modification
吉沢, 明康
田畑, 剛
木村, 剛之
青島, 健
福山, 裕子
梶原, 茂樹
九山, 浩樹
小田, 吉哉
田中, 耕一
プロテオミクス
データベース
PTM
末端配列
MSPTM-DB
ProteinCarta
質量分析計のデータを解釈してプロテオームのデータを作り出すComputational Proteomicsの新手法とそのためのデータベース2件, 「MSPTM-DB」と「ProteinCarta」について述べる. タンパク質の既知の翻訳後修飾(PTM)情報を基に, PTMがある場合とない場合の配列を事前に作成してデータベースMSPTM-DBに収録し, これを検索対象にすることによって, 従来からのPTM検索法の問題点である信頼性の低下を回避し, かつ検索速度を3倍以上に増加させた(MSPTM-DB法). また, タンパク質のN/C両末端部分の配列合計8残基以上があれば, ヒトの場合ほぼ全てのタンパク質が同定可能であることが計算機実験で明らかになり, 同定に用いるためのデータベースProteinCartaを構築した. これらのデータベースはwebからフリーで利用できる.
新潟医学会
2014-10
jpn
departmental bulletin paper
http://hdl.handle.net/10191/43956
https://niigata-u.repo.nii.ac.jp/records/8815
AN00182415
00290440
新潟医学会雑誌
新潟医学会雑誌
128
10
504
509
https://niigata-u.repo.nii.ac.jp/record/8815/files/128(10)_504-509.pdf
application/pdf
1.2 MB
2019-08-06